FromArgb/ToArgb でも処理できますが、それだと、
システムカラー(SystemColors.ActiveCaption 等)を正しく復元できないので、
ColorConverter クラスを使用した方が良いかも知れません。

http://rucio.bbs.coocan.jp/?m=listthread&t_id=159&summary=on


この他、XmlSerializer 等でシリアライズするという手もありますが、
こちらは今回の要件には向かないかな…。