>そのコントロールが自動で処理する特殊キー（ChecBoxのSpaceキーなど）と
>同じ動作をさせるようなメソッドなどはあるでしょうか？
コントロールの、というかWindowsの既定の(？)動作ですよね。
そういったメソッドはおそらく無いと思いますので、例えばCheckBoxなら自分でCheckedプロパティを切り替えるしかないんじゃないでしょうか。

    Private Sub CheckBox1_KeyDown(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.Windows.Forms.KeyEventArgs) Handles CheckBox1.KeyDown

        If e.KeyCode = Keys.Enter Then

            Dim chk As CheckBox = DirectCast(sender, CheckBox)

            chk.Checked = Not chk.Checked

        End If

    End Sub