いくつか気になることがあります。

・ASP.NETアプリケーションをWeb Matrix から実行する前にパソコンに電源を入れ、
　ログインIDとパスワードを入力して、パソコンを立ち上げていると思いますが、
　そのログインIDが管理者権限（Administrators）を持つユーザでログインしていますか？

　もし、ログインしているIDが管理者権限（Administrators）をもっていなかった場合、
　管理者権限を付与してください。

　★お使いのPCがXP, 2000、2003の場合の管理者権限設定＆確認方法
　http://service1.symantec.com/SUPPORT/INTER/tsgeninfojapanesekb.nsf/jp_docid/20030815231950953

　★お使いのPCがVistaの場合（管理者権限で実行）
　Web Matrix を右クリックし「管理者として実行」を選択します。

・ASP.NET1.0だと、意味ないのかもしれませんが、試しに作成されたASP.NETアプリケーション内に
　Binディレクトリを作成してみてください。

以上です。もし、これで状況が変わらない場合はまたお問い合わせ下さい。
宜しくお願いします。