葉月さん、回答ありがとうございます。
また、動作保障の確認事項などの調べ方など参考にさせていただきます。

問題箇所のミニマムコードですが、初めに書かせていただいたForm_LoadにWebBrowserのNavigateにPPSファイルを投げるだけで再現されます。
(少なくても私の環境+テストに手伝っていただいた友人の環境では)

私の環境としては
PC1(OS:XP Home SP2            / IE6.0.2900.2180 SP2)
PC2(OS:XP Professional SP3    / IE7.0.5730.13)
PC3(OS:Vista Home Premium SP1 / IE7.0.6001.18000)

PC1とPC2は3枚目以降も切り替わります。
PC3は常に2枚目で止まります。 
三台とも１番初めに載せた１行のコードをPC1にてexe化したものを使用しています。

そこで試しにPC3にVB6SP6をインストールして、載せたコードにてexe化を行ってみましたが結果は一緒でした。
(コンパイルした環境に左右されるかと思いまして)


>(XP、Vista両方)PCのブラウザのバージョンと、問題個所のミニマムコードもあった方がいいです。
>WebBrowserを利用していますので、ブラウザ情報は肝になります。
私の提示した内容で不足がありましたら、またご指摘いただけると助かります。


>それから、他の追加情報が必要か確認を取ってはどうでしょうか？
との事ですが私の理解不足で申し訳ないのですが、追加情報が何が必要か分かりません。
ですので何を確認取ればいいのか・・・

WebBrowserに固執している訳ではないのですが、サイトなどで自分の調べた範囲で「指定フォーム内のコントロールでサイズが調整出来てPPSが表示出来る」のがWebBrowserでした。
OLEコンテナでもOffice系を操作出来ると情報は見ていたのですが、直でスライドショーが行える？形では無かったので排除しております。
(出来る方法があるのかもしれませんが・・・)
ですので、それ以外のコントロールでもPPSが扱えるのがありましたら、お教え願えたらと思います。