VB2008EEバージョンならデフォルトではSQL Server 2008 Expressもインストールされる
と思いますが。インストールしてるんですかね？

SQL Server Express の概要
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms165588(SQL.90).aspx
SQL Server Express と MSDE の比較
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms165672(SQL.90).aspx
の比較の方がわかりやすいかな？

後、
MicrosoftR SQL ServerR 2008 Management Studio Express
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=08E52AC2-1D62-45F6-9A4A-4B76A8564A2B&displaylang=ja
っていう便利なユーティリティがありますので、これを利用すると楽チンです。

AccessとSQL Server EEとどちらの選択かって問題ですが、Accessに慣れているなら、
もう勉強する必要ないし、とも思いますね。