>未開封アカデミック版が低価格で出品されているようですが、これらを使った場合は何か問題がありますでしょうか？ 

問題ありですね。
アカデミック版は学生や学校向けですから。

それほど大規模でなければVisualStudioはスタンダード版でも大丈夫だと思います。
DBはMySQLとか。