Visual Studio の上位エディションでは、自作アプリのインストーラを生成するための
「セットアッププロジェクト」という機能が用意されています(Express Edition では不可)。
この機能で生成したインストーラに、Orca というツールで手を加えると、
拡張子に対する関連付けを行う事ができます。詳細は下記をご覧ください。
http://www.langedge.jp/blog/rsd.php?itemid=380


また、関連付け起動時の音楽ファイルのパスは、下記のようにして取得できます。
http://dobon.net/vb/dotnet/programing/commandline.html