こんにちは。
私のお奨めは赤間伸幸さんの「Webアプリケーション構築技法」です。
タイトルにあるようにWindowsアプリではありませんが、実践的な考え方が具体的なコード例とともにわかりやすく説かれているのが気に入っています。第9章で2階層、第10章で3階層を扱っています。
ISBN 4-89100-515-7

3階層以上のアーキテクチャはWebアプリケーション向きだと思いますよ。

個人的にはN階層アーキテクチャにはあまりこだわっていません。プログラム効率が下がる場合があるからです。N階層だと後から画面に項目１つ追加するのも大変です。Windowsアプリで3階層以上をやろうとするとWebサービスなどを使用することになるでしょうか。
でも、メンテしやすいように考えながら作っていると自然と2階層のようにはなります。