こんにちは。
VBでわからいことがあったり、暇だったりするとよくVB中学校にきます。

本題ですが、「アプリケーション設定の保存と読み込み」の方法を使って設定を保存したときの保存先ですが

VB2005 EE  C:\Users\（ユーザー名）\AppData\Roaming\...
VB2008 EE  C:\Users\（ユーザー名）\AppData\Local\...
（Vistaで確認しました。）

というように違ったりするみたいです。