> デスクトップへ直接描いたり消したりする．．．

ああ、これは失礼。早とちりでした。
しかし、それならますますドットネットですね。
VB2005以降には、ControlPaint.DrawReversibleLineメソッドというものがあり、
これはずばり、PC画面上を、他のアプリなど無視して、線を描いたり消したりします。

しかし、前提がVB6なら、これ以上言いませんが、少しだけ、
VB2005以降は言語仕様はVB6に似てますが、グラフィック表示などは全く異なるので、
すぐに移行すると言うのはやや面倒かもしれません。