VBやC#のコードをコンパイルしてEXEファイルを生成することはできますよ。
http://brv314.web.fc2.com/samples/compiler.html

ネイティブコードのEXEはもうちょっと難しいと思います。
ここのページにはEXEの構造が載ってます。
http://codezine.jp/article/corner/61