これやね
http://forums.microsoft.com/MSDN-JA/ShowPost.aspx?PostID=4145870&SiteID=7

質問者さん曰く
>つまりいくつかフォームがあって　特定のフォームの終了処理で他のフォームも閉じたいのです。スタートアップに指定したフォームは除いて
だそうだけど、何？Application.Exit()？
アプリ終了させてどうすんの？馬鹿なの？し(ry

まぁ、物凄ーく好意的な見方をすれば、これも既定のインスタンスの弊害なのかもねぇ。