変数ctrはControl型ですのでCheckedプロパティを使うにはCheckBox型にキャストする必要があります。

For Each ctr As Control In grpA.Controls
    If TypeOf ctr Is CheckBox Then
　　　　Dim chk As CheckBox = DirectCast(ctr, CheckBox)
　　    If chk.Checked then
          'チェックされていた場合の処理
       End If
    End If
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