理論の方で補足します。

画面の描画処理もまたプログラムです。
プロパティの値を見てディスプレイ上に四角形を書くプログラム
だと思ってください。
そして、そのプログラムは自分で書かないだけで(Microsoftが書いて
くれてるだけで)自分でプログラミングした関数と同等と思ってください。

何か１つのプログラムが実行されている場合、CPU は1個ですので
実行される処理も１つです。
後から命令された処理(※ただしイベント起動のもの)は、実行できる
状態になるまで待機状態になります。

プログラムコードを基準に言えば、１つの関数内のコードは
１セットとして扱われ、関数を抜けるまでに他の処理の実行命令
(イベント)が起こった場合、待機状態になります。

>PictureBox1.BackColor = Color.GreenYellow
>System.Threading.Thread.Sleep(200)
>PictureBox1.BackColor = Color.Gold
これらを１つの関数(Timer.Tick イベント関数)内に書いて
あれば、Color.GreenYellow が画面に表示されることは無く、
Color.Gold になった後、関数を抜け、その後から実行される
再描画処理が、プロパティを確認し、Color.Gold で描画します。

この処理順に関しては Sleep が無くても同じです。
Sleep があっても描画処理が走る条件は満たしません。
･･･関数内の処理が実行中のままなのですから、当然
描画処理は待機状態のままになります。

このとき、別のプロセスがコンピュータ上で動いていた場合、
CPU を使ってない状態になるため、実行されます。
つまりこのプログラムと全く関係ないエクセルファイルを
開いていたとして、このプログラムのために CPU を１００％
使っていて、エクセルファイルの表示処理にまで影響を与えて
いるような状態だった時、こちらのプログラムが Sleep
すると CPU に処理を実行する余裕ができます。すると
エクセルファイルで保留にされていた処理が実行される
場合はあります。

Sleep がどんな命令か調べたことありますか？
そこに書いてあった説明をどの程度理解していますか？
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc429358.aspx
Sleep は「実行を中断」
つまり「自分のプログラムで何も処理しない」という
だけですよ。