そうですか？
当方の環境(WindowsXP SP3,VisualStudio2008Pro)で上気サイト内のサンプル(ラベルのカスタムコントロール)を丸コピして確認しましたが問題無く透過されていました。

[確認手順]
①上記サイト内のLabelコントロールの背景を透過するサンプルをコピペ & ビルド
②Form上に①で作成したTransparentLabelとProgressBarとTimerコントロールを配置
③デザイナでTransparentLabelのBackCokorをColor.Transparentに設定
④同じくデザイナでTimerのEnabledをTrueに設定
④TimerのTickイベント内に適当にProgressBarのValueを変更する処理を記述
⑤実行

何か処理に違いがあるのかも知れません。
お手数ですが透過されなかった時の処理・操作内容を教えて頂けませんか？

また、念のため補足しますが提示サイト内にもあるように、デザイナ上ではラベルの背景は透過されませんのでご注意ください。