> ファイルの拡張子の処理系アプリなんて皆、求めているのかなと思ったわけですが、

ファイルの拡張子の処理系なんて誰も求めていないと思いますよ。
必要なのは，そのファイル形式 (拡張子に非ず) を処理するアプリケーションですから。

例えば.rarは，RARという圧縮フォーマットに対しておそらくRARLABがつけた拡張子です。
.tgzのように，本来.tar.gzだったものがOS仕様によって変更になったりすることがあります。
.docのように，昔はtext/plainだったものがその拡張子を使うアプリケーションが有名になる事でapplication/mswordとして扱われたるようになることもあります。
.datなどは，データファイルというくらいで各種アプリケーションが好き勝手に使っています。


> ファイル拡張子に関する知識というのはどうやって手に入れているのでしょう？

拡張子辞典とかRFCとかIANAのMIME Media Typesとか……。


> また、それを元にVBで拡張子をいじくるようなアプリは作成可能でしょうか？

拡張子をいじるだけなら
System.IO.Path.ChangeExtension
でできます。

ただし，ファイル形式がかわるわけではないのでなんら意味を持たないですが。
まぁ，OOXMLなどは拡張子を.zipに変更して展開してなかのXMLファイルを覗く，とかやったことがありますが……。