ウェブブラウザを作るのであれば、拡張子の関連付けを変更して、HTMLが自作ブラウザで開かれるようにすればこの問題は解決できます。
そのためには、拡張子の関連付け以外にもコマンドライン引数でファイル名を処理することが必要です。

拡張子の関連付けの変更
http://dobon.net/vb/dotnet/system/associatedapp.html

コマンドライン引数から、開かれたファイルを知るためには、このようにします。

Dim filePath As String = Environment.GetCommandLineArgs()(0)

filePathにファイルのパスが格納されます。