> Application.Quit

この場合の「Application」の部分が、New もしくは CreateObject もしくは GetObject で
取得/生成した Access.Application インスタンスの変数になっているか確認してください。

もしも変数ではなく、直接 Application.Quit と書いているのだとしたら NG です。


また、変数名.Quit と書いているにも関わらず、2回目以降の動作に問題があるようなら
それ以前の箇所に問題がある事になります。その場合には、レポート処理などの箇所を
コメントアウトして動作を確認していき、どの箇所を実行すると、2回目以降の動作に
問題が生じるのかを突き止めるようにしてみてください。