原則的に，インストーラは初期設定を行うための物です。
例えば，マシン全体に関わる設定を行うのはインストーラの役割です。
# デフォルトでは，UsersからはHKLMにしろ%ProgramFiles%にしろCommonAppDataにしろ書き込めないので。

以前，setup.exeではなく.msiを実行したためにVSTOが入らず動かない，という例も経験したことがあります。


手軽に作るならClickOnce，もう少し制御したいならセットアッププロジェクト (VS Std以上だったかな)，
細かく制御したいならWiX，お金があるならInstall Sheildあたりがインストーラ作成用のものでしょうか。
WiX : http://wix.sourceforge.net/
Install Sheild : http://www.networld.co.jp/is/main.htm

ちなみに，インストーラは少なくともWindows Installerへ対応している物を使うのが無難ですし，推奨されています。
少し古いですが，「Designed for Windows XP アプリケーション仕様書 2.3 日本語版」には，
「S5.4 検証テストに合格した Windows Installer ベースのパッケージを使用してインストールする」
という項目があります。

InnoSetupはFAQで公式にWindows Installerへの対応をしないと表明しているので，上記の理由からお勧めできません。
自作するくらいならWiXの方が楽が出来ると思います。