こんにちは。

mapBoxというPictureBoxコントロールがmapForm上に配置されていて、
実際に画像が描画されるのはmapBoxの上ということで合っていますでしょうか。

Me.Invalidate()

My.Forms.mapForm.Invalidate()

↑のようにしても再描画されるのはmapFormだけで、
ひょっとしてmapBoxは再描画されていないのではないでしょうか？
だとしたら以下のようにmapBoxを再描画することで対処できると思うのですが・・・
どうでしょう？

My.Forms.mapForm.mapBox.Invalidate()