最初のレスで解決するだけのヒントは出てるね。

波長1は1行目だけのデータを読んだ時点で置いておいて、
波長2はファイルの最後の行まで読まないと見つからないのでは？
提示されたコードは波長1も波長2も1行ずつ読もうとしてるね。

だから、先に波長2とそれに対応する数値だけファイルの最後まで
読み込んで配列に覚えておけば？ってことですね。
波長2と対応する数値を、横２列×縦ファイル行数分の配列に
全部入れておけば、ファイルを何度も読み直さなくてもいい
わけです。

それ以外は、人間がやる方法と同じで特に難しい内容って
ありませんよね？

波長1の1行目読む。
　波長2の1行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の2行目へ。
　波長2の2行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の2行目へ。
　…
　波長2の最終行読む。波長1と比較。一致してたら波長1の2行目へ。

波長1の2行目読む。
　波長2の1行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の3行目へ。
　波長2の2行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の3行目へ。
　…
　波長2の最終行読む。波長1と比較。一致してたら波長1の3行目へ。

波長1の3行目読む。
　波長2の1行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の4行目へ。
　波長2の2行目読む。波長1と比較。一致してたら波長1の4行目へ。
　…
　波長2の最終行読む。波長1と比較。一致してたら波長1の4行目へ。

あとは同じ処理が繰り替えされるのでループを使ってまとめれば
上の処理が5行ぐらいのプログラムにまとまりそうだね。