> 波長2とそれに対応する数値だけファイルの最後まで読み込んで配列に覚えさせるのはどうしたらいいですかね。

文字通り、そのファイルを最後まで読み込んで、配列に入れるのですけど？
どこでダメなんですか？
１行読み込んで、読み込んだ内容を切り出して、波長２用の配列と、数値用の配列に書けばいいだけですよ？
それを最後まで繰り返すだけです。

切り出し方（分け方）がわからない？

それと、るしぇさんが
> 勉強してるならデバッグくらいしてください。ステップ実行で各変数を
> 確認した時に正しくデータが格納されていましたか？
と書かれていますが、それに対する回答は？
デバック実行してみましたか？