ファイル以外で管理するとして、その情報を『どこに保存するか』は決まっていますか？
（仕様が決まっていない物をプログラミングする事はできません）

また、「なぜ、ファイルではマズイのか」を明らかにして頂かないと、
有効な回答は提示できないかと思います（権限の問題とか、情報隠蔽の目的とか）。


・通常の変数だけで管理　…　アプリ実行中のみ有効。アプリを再起動すると消えてしまう。
・揮発性レジストリで管理…　Windows を再起動するまで有効。API または VB2010 にて指定可能。
・レジストリに保存　　　…　Microsoft.Win32.RegistryKey から利用可能。
・インターネットで管理　…　Webサーバーなどを用意し、そこと通信してデータを管理する。
・データベースに格納　　…　小規模アプリなら、JET や SQLCE を利用できます。
・代替ストリームで保存　…　ファイルの一種ですが、エクスプローラ上では見えません。
・My.Settings を利用　…　今回使えない理由は何でしょうか？
・ファイルとして保存　　…　今回使えない理由は何でしょうか？