サンプルもなく試していないのでご了承ください。

保存の際にアルファチャネルが入っていないので、半透明にならないと考えられます。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%81%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%83%8D%E3%83%AB

今のままだと24bit色で保存されるため、以下のBitmap コンストラクタを使う必要があります。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/3z132tat.aspx

それから、32bitのFormat32bppArgbを使用する必要があると思います。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.drawing.imaging.pixelformat.aspx

これだけでOKかはわかりません。
サンプルを提示されているので、私もサンプルを載せたいところですが――
私も試したことがなく、私用を優先しないといけないため見送ります。
後で時間があれば、サンプルを作るかもしれません。