実際に試した事は少ないのですが、想像するに、透明画像とか、半透明とか、
それは画像自体の問題というより、下敷きと協業するものと思うのです。
透過ＧＩＦの場合は間違いなくそうです。画像側にも透明の設定は必要ですが、
それは常に透明とは限らず、ＩＥなどの上に置いた場合のみ透明ですから。

半透明については、多分仕組みが違うはずです。また、ＪＰＧでは保存でない
でしょう。32ビット型のＢＭＰなら保存できるかもしれませんが、そうすると
画像ソフトによっては読めないケースも出て来るでしょう。
ＭＳのペイントその他なら読めましょうが、ＯＳが古いと読めないはずです。