ご返答ありがとうございます。
そうですね、たかが中学生のやっていることなのにここまでしなくてもいいかな、と思いました。

ファイルを読み込んで復号化し、プログラムが起動しているあいだはそのファイルを放置し、終了と同時にそのファイルを暗号化する、という流れを作ってやってみたいと思います。