暗号化というほど、大げさでなければ、

１．バイナリーで、ファイルの読書きを行い。
　　文字をある単位で、BitShiftする。
　　→通常の方法では、直ぐには見れなくなります。
２．画像データや、サウンドファイルなどの、大きめのファイルなどに
　　文章を混ぜてしまう。
　（分散化を適切に行えば、画像は画像として、音は音として問題ないレベルになります。）
　　混ぜ方のパターンなり、方法が解からないと、データが取り出せません。
３．データの誤り訂正方法を、応用する：CRC-32とか
４．安直に、BASE-64化する。

暗号化、複合化であれば、

'10 行でズバリ !! 暗号化 (VB)
'http://msdn.microsoft.com/ja-jp/events/dd283151.aspx
が参考になるかもしれません。