るしぇ様、neptune様早速の返信ありがとうございます。

読み込みの方法ですが、表現が適切であるか微妙だったのですが、指定行とさせていただいていましたが実際は下記のように全ての行を読み取り、IF文で一致する行をカンマ区切りで変数に取得するというような形です。以下のようにしています

Dim read As New System.IO.StreamReader(Name, System.Text.Encoding.Default)
Do Until reader.EndOfStream
  line = read.ReadLine
  BASHO = line.Split(",")
       If BASHO(0) = A(1) Then
          X(1) = BASHO(1)
          Z(1) = BASHO(2)
       End If
 Loop

以上の様にして、場所から値を変数に入れることが出来たので、逆も簡単に出来てしまう物だと思っていました。
プログラム側からでは難しいようなので、ファイルを分割するなどの対応をしてみたいと思います。テキストファイルの本質すら分かっていなかったことが恥ずかしい限りです。
なにかこうすればいいということがあればご教授ください。よろしくお願いします。