大したサイズでないなら
①全部読み込む
②任意の行を変更
③全部書き出す
でいいんじゃない

全部読む、全部書くのはそれぞれSystem.IO 名前空間のFile.ReadAllLinesメソッドと
File.WriteAllLinesメソッドが楽チンでお勧め。

[参考]
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.io.file.readalllines(VS.80).aspx
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.io.file.writealllines.aspx