TransparencyKey や Opacity が提供する「レイヤード ウィンドウ」は、
トップレベル ウィンドウに透明と半透明効果を追加するための物です。

つまり、それが有効になるのは、トップレベルウィンドウだけであり、
TopLevel = False なフォームに対しては有効になりません。

> 透明にする方法ってないんでしょうか？
Controls.Add したコントロールをくり抜くためには、TransparencyKey ではなく
Region プロパティを用いる必要があるかと思います。