参考：（ソースが確認できたわけではないので。）

グーグル：TIMER 誤差
http://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=TIMER+%E8%AA%A4%E5%B7%AE&lr=lang_ja

WindowsにおけるSleep(1)の精度について
http://hp.vector.co.jp/authors/VA007219/rtc_pic.html

より、下記

The system clock may run fast when you use the ACPI power management timer as a high-resolution counter on Windows 2000-based, Windows XP-based, and Windows Server 2003-based computers
http://support.microsoft.com/kb/821893/en-us

Halaacpi.dll
Halmacpi.dll
Halmps.dll
Halacpi.dll
Halx86.dll

の違いによるものらしいですが。
ＲＴＣにしろ、Ｘ－ＴＡＬにしろ、ＰＣは安い部品を
使っているので、温度による誤差とか、ＯＳ／アプリ要因を
考えると、計時として、どこまでなら正確といえるかどうか。
測定機の精度は、求めていないと思いますし。
（ＰＣに、測定機並の精度を求めちゃいけないと、思っています。）