TableAdapter は使わないので調べていませんが、
技術的に何か取っ掛かりになりそうな雰囲気を感じた記事を並べてみます。
[TableAdapterで実行されるSQL文をログする]
http://d.hatena.ne.jp/dotnetmemo/20061125/1164428169
[ADO.NET TableAdapterの接続文字列を動的に変更したい]
http://antas.jp/blog/ina/archives/2006/12/adonet_tableadapter.html
[方法 : TableAdapter の機能を拡張する]
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms233697.aspx
[TableAdapterでTransaction]
http://www.vbstation.net/tips/transaction.htm