0.5ピクセル分ずれている，という話でしょうか。
座標系はピクセルの左上を指定するが，拡大時のピクセルの色はピクセルの中央(0.5, 0.5)を参照する為にずれが起きる，というものです。

GraphicsのPixelOffsetModeプロパティを，Halfに設定してみてはどうでしょうか。

MSDN: Graphics.PixelOffsetMode プロパティ (System.Drawing)
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.drawing.graphics.pixeloffsetmode.aspx
MSDN: PixelOffsetMode 列挙体 (System.Drawing.Drawing2D)
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.drawing.drawing2d.pixeloffsetmode.aspx