「卒業生が作ったプログラム」を実行するのと
「Prc.Terminateを実行するプログラム」と、どっちが重要なのでしょう？

> 別のプログラムが動いていると困ることがあり

という事であれば、タスクマネジャーで全て終わらせれば良いのでは？
が、アプリケーションを全て止めても他にプロセスが多く動いてるから、
これをどうすれば良いかで悩むのでは？