私も良くはわかりませんが、
WM_SHOWWINDOWってのは表示の時、非表示になる時の両方ともの発生するようですよ。
最小化、元に戻るときも。

//////////////MSDN//////////////
The WM_SHOWWINDOW message is sent to a window when the window is about to be hidden or shown.

A window receives this message through its WindowProc function. 
////////////////////////////////
でも、スプラッシュウィンドウをHookしているとすると、メイン？のフォームのmessageが
スプラッシュウィンドウのWndProcには来る事はないはずなんですが。。。
その辺り何故かは良くわかりません。

>Windowsもしくは、vbのバグなのでしょうか?
ちょっとそれを疑うにはまだ早いんじゃないでしょうか？

どこでどのように、Hookしているか、又、何がしたいかを書いた方が識者の方々から
よりよいアドバイスが受けられるのでは？