Windows XP Embedded には、.NET Framework 3.5 が組み込まれていませんし、
Windows XP Embedded 向けの .NET Framework 3.5 も正式提供されていません。

そのため今回の場合、恐らくは
　・Windows Embedded Standard 2009 を組み込んだ製品に乗り換える。
　・Windows Embedded Standard 7 (2011) のリリースまで待つ。
　・VS2008 を使うが、アプリは .NET Framework 2.0 ベースでビルドする。
　・VS2005 を使った開発手法に切り替える。
　・.NET の採用を中止して、Win32 アプリとして製作する。
　・Web アプリとして実装する。(デバイス側にネットワーク設備が必要)
といった選択になるかと思います。詳細は、ベンダー側と相談してみてください。