>　・VS2008 を使うが、アプリは .NET Framework 2.0 ベースでビルドする。

Windows XP Embedded の場合、古いデバイスだと 1.1 ベースの場合もありますので
注意してください。とはいえ、XPe 向けの .NET Framework 2.0 は用意されていますので、
2.0 ベースで開発できるかどうかを、ベンダーに相談してみては如何でしょう。
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?displaylang=ja&FamilyID=c4837dad-5719-4b63-8752-cb0a65802329