コード自体を出す必要があるんですか？
どのFunctionを通ったか、ということだけ出力するようにして、
あとはフローチャートで見ていく方が現実的だと思うのですが…

どうしてもと言うのであれば、プログラム内ではFunctionのIDだけ出力するようにして、
あとは、例えばFunctionごとにテキストファイルを用意しておき
別のプログラムや、あるいはExcelやAccessなんかで、そのIDからテキストファイルを結合していくとか。
ソースが二重管理になるので、逆にバグ発生の原因になりやすい気もしますが……