複雑なFunctionの組み合わせで、呼び出される順序がズレる場合があるということですが、
並列処理を行っており、非同期処理のため順序がズレる可能性があるのでしょうか？
それとも、トリッキーな作りで想定していない順序になるということでしょうか？

前者なら非同期処理を、同期しなければならない部分で同期することで対処できます。
あとは条件文で異常な変数を摘出すれば、使用者に教えるなりログを取ればいいと思います。
詳細は、BeginInvokeとIAsyncResultを調べてみてください。

後者だったら複数のFunctionをコンボジットした自作メソッドを作り、想定外の順序にならないようにします。
問題が起きた場合に、どのFunctionを通ったのか、コンボジットされたメソッドをみるとわかるようにします。
ログに出力してチェックするための並列処理を走らせれば、要望に近いことができると思います。

＞＞＞コンボジットのイメージ

' FunctionがAからZまであると想定します。 



    Private Sub Hoge1()

        FuncA()

        FuncB()

        FuncC()

    End Sub



    Private Sub Hoge2()

        FuncB()

        FuncE()

        FuncZ()

    End Sub



    Private Sub Hoge3()

        FuncA()

        FuncS()

        FuncX()

    End Sub