その要件から考えてみました。


店舗どおしがWANでネットワーク化されているのであれば、１台サーバー(規模によってはパソコンでも可)を用意して、SQL Server Express EditionとVBで作ったASP.NET Webアプリケーションを稼働させ、各店舗からはWebブラウザ経由でプログラムとその裏にあるデータベースにアクセスするのがよいと思います。
サーバーは専用でなくてもよく、すでにある何かのパソコンを転用できるのであれば人件費以外は無料でシステム化できます。

WANになっていないのであれば、インターネット経由で通信するしかなく通信内容を傍受される恐れがありますが、構成としては上と同様の構成だけれどもインターネット上にあるサーバーにSQL Server Express EditionなどのデータベースとVBでつくったASP.NET Webアプリケーションを稼働させ、各添付からはWebブラウザ経由でアクセスするのがもっとも手軽と思います。

インターネット上にあるサーバーは私のこの掲示板のようにWindows Azureを使用することもできますが、知識があれば自分で構築することもできます。探せばブログやWebサイト開設サービスなどのように無料で貸してくれるサービスもあるかもしれませんが、想定するシステム構成がとれるのかどうか確認は必要です。(多分、そういうつもりでFC2と契約されたのでしょうか。FC2で要件が満たせればまったく問題はないです。)

あるいは、各店舗のパソコンにプログラムを配布して、各店舗からデータベースに直接アクセスする方法もありますが、この場合はこのデータベースにはリモートアクセスできる必要があることと、インターネットなどの一般回線を通じる場合は傍受される危険がありのがネックです。
(このようなシステム構成をクラサバと呼びます。)

他にもいくつか考えられそうです。