あ、でも、Webアプリケーションにしてしまうとバーコードの扱いが難しいです。

やはり各店舗にはプログラムを配布する形でデータの更新だけサーバーと通信する形の方がよさそうですね。
配布もかなり自動化する方法がありますし、サーバーの通信方法もいくつかは選択肢があります。

ぜひ、楽しんで作ってみてください。