>SQL Serverはお金かかりますよね？
>だからMySQLを選択したのもありまして・・・。
Express Editionであれば無償ですよ。
Express Editionでもデータの保存場所として普通に使えるのでご検討ください。

あと、勘違いしていました。
バーコードリーダーで読み取るレベルであればWebアプリケーションでもクラサバでもバーコードの扱いやすさは変わりません。