で、まぁ、こういった誰でも考えそうな基本的なプログラムは
Tips として公開されているので模範回答として自分のものと
見比べてみてください。
検索キーワード「最下層　フォルダ　VB.NET」
http://jeanne.wankuma.com/tips/vb.net/directory/getfilesmostdeep.html
http://dobon.net/vb/dotnet/file/getfiles.html
http://hanatyan.sakura.ne.jp/dotnet/folder04.htm