判定条件を加えたいのは、インストーラー側でしょうか? それともアプリ側でしょうか?
アプリ側だとすれば、IntPtr.Size プロパティで判定できます。

なお、コンパイルモードにも注意して下さい。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/5b4eyb0k.aspx

既定の Any CPU 設定のままコンパイルした場合は、そのアプリは
　32bit OS で実行　→　32bit アプリとして動作
　64bit OS で実行　→　64bit アプリとして動作
という動きになりますが、x86 としてコンパイルすると、
　32bit OS で実行　→　32bit アプリとして動作
　64bit OS で実行　→　32bit アプリとして動作(WOW64)
となりますし、x64 としてコンパイルした場合は
　32bit OS で実行　→　動作しない
　64bit OS で実行　→　64bit アプリとして動作
という結果となります。どれが良いかはケースバイケースです。


なお、OS 判定を行う必要がある場合には、Environment.OSVersion プロパティ を利用できます。
また、WOW64 上で動いているのかどうかを判定する必要がある場合には IsWow64Process API を利用できます。