インストーラ側で判定したいのであれば，Windows Installer系ならVersionNT64プロパティが使えそうです。
MSDN: VersionNT64 Property (Windows)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa372497.aspx

ただし，CreateInstaller FreeとやらがWindows Installerに対応しているかどうかはわかりませんが。