AccessVBAの場合はあまり知らないですが、今はVB2005でやっていて、
ソフト改定の場合は、安直に「.exe の差し替え指示」だけでやってますよ。
ただ、ユーザー側で、フォルダやファイルコピーについて熟知している必要あります。
また、Windows7の場合は、別の問題も起こり得ますが、今のテーマとは別問題。
あまり正統的なやり方じゃないとは言えるでしょうが、現実的に支障が無いから、
設定ファイルだの、色々インストール項目が多いなら、そうは行かないかもしれず．．