exeを置いているサーバが共有されているのであれば、
iniにパスを書いておいて、「iniに従ってファイルを置き換えるexe」を作成してもいいかも。

本プログラムをA、更新用プログラムをBとすると
AがBをキック
Aが自分自身を終了
BがAを、新しいバージョンのA'で上書きして更新
BがA'を起動

AとBは必ず同じフォルダに存在する、というルールにすれば、
カレントへのコピーということで、フォルダ構成を考えなくていいですし。