さっそくの返答をありがとうございます。
エクセルのフォーマットを開くのは社内の別の人間です。どうしてもエクセル形式でもらわなくてはいけない事情がありました。
そのエクセルフォーマットなんですが、誰でも使える（パソコン初心者でも）をコンセプトに作成したので、ユーザーフォームとVBAのマクロをふんだんに利用して作成しました。

作成が終わって「失敗だ」、、、と思ったのが「初心者はマクロのセキュリティ設定が直せない」と思い、作成したのがVBSから

ーーー = CreateObject("Excel.Application")
ーーー.Visible = True
ーーー.DisplayAlerts = False
ーーー.Workbooks.Open("問題の場所")
ーーー = Nothing

を使用した外部スクリプトから強制的にマクロの警告文をシャットダウンするものでした。

と、ここまではスムーズに作成できたのですが、、、、、

何らかの方法でプログラム内に埋め込んだフォーマットを使用して、誤ってエクセルのフォーマットを上書きしてしまうという事故を防ぎたいのです。

考えたのが、
1.外部アプリからエクセルのドキュメントを呼び出す→　2.エクセルで作業をさせる
3.作業終了時に自動的にデスクトップに別名保存
という方式をとりたいのです。ですが自分はVisual Basic専門ではない（エクセルのマクロくらいなら作れますが）ので、自作アプリケーションにエクセルファイルを埋め込んで、それを呼び出す方法がわからなくて困っていました。上のコードの「"問題の場所"」の部分が、普通はパスを指定するのですが、内部に埋め込んだエクセルファイルを呼び出す方法が、本を読んでもよくわからなかったので（というか触れられてなかった、、、、）

どうか知恵をお貸し下さい。

ちなみに上の目的を果たせれば方法は別でもかまいません。