一つの解決策として，スクリーンキーボードの仕組みを応用することを提案します。
自アプリのテキストボックスの中で入力支援をしながら入力し，文字列をSendInputで対象アプリケーションに送信するのです。
変換中の文字列はimm32.dllのGetCompositionStringを使えば取得できます。