見つけました。(.NETのWebBrowser)

Dim URL As Uri



 Public Sub New()

        ' この呼び出しはデザイナーで必要です。 

        InitializeComponent()

        ' InitializeComponent() 呼び出しの後で初期化を追加します。 

        '"新しいウィンドウ"のURLを取得する 

    Try

            Dim cmds() As String

            cmds = System.Environment.GetCommandLineArgs()

            WebBrowser1.Navigate(cmds(1))

        Catch

    End Try

End Sub



Private Sub WebBrowser1_NewWindow(ByVal sender As Object, ByVal e As CancelEventArgs) Handles WebBrowser1.NewWindow

        e.Cancel = True

        'sender = WebBrowser1 -自作のコンテキストメニューをクリックして実行する場合 

        URL = sender.Document.ActiveElement.GetAttribute("href"))

        Process.Start("exe名", URL)

End Sub

これで、いいと思います。
これを実行すると、NewWindowイベントが発生したときに、新しくアプリケーションが起動すると思います。